奥邃がハリスの新生同胞教団を去り、日本に帰国した理由ははっきりとはしていません。しかし、最近の研究によれば、晩年のハリスが心霊主義的傾向を強めたこと、またハリスがサンタローザを去った後の教団運営の仕方に疑問をもったことが主な原因であると言われています。事実ハリスは少々胡散臭い面もあり、スウェーデン・ボルグの教説を心霊主義、神秘的に独自の解釈をし、交霊会などを催していたこともあったようです。また、その教団の運営の方法も、教団に帰依した信者がその財産を寄付し、共同生活を送るというものですが、この運営の仕方も、当時の新聞サンフランシスコ・クロニコル紙に批判的に紹介されハリスは社会的に糾弾されます。また、この記事にはハリスの女性関係のスキャンダルまで暴露され、これが元でハリス（当時６８歳）は正式に三度目の結婚をして、ニューヨークに去らざるをえなくなります。このようなドタバタがあった後、奥邃は一人教団の本拠地から１６マイル離れた山荘「リン・リラ」に籠もり７年の長きに渡り、帰国までの独居生活を送るのです。

　奥邃はこうした師の行状を見て、自ら深く感じるところがあったことと思われます。ロシア正教神父ニコライが驚嘆し、仙台藩にその人ありとまで言われた鋭い知性と感受性の持ち主奥邃は、ハリスの下で、ほとんど奴隷並の下働きをさせられながら、静かに、静かに「信仰」とは「神」とは、を自ら問い続けていたに違いありません。そして、そんな労働から解放された７年間にさらに、深く自身の思索を深め、そこで自らの信仰、自らの使命を確立したのでしょう。こうして奥邃は３０年に渡るアメリカ生活を終え、新世紀（２０世紀）を迎える日本に飄然と舞い戻ります。渡米した時には紅顔の青年だった奥邃は、５４歳の壮年となっていました。

　帰国後４年の間奥邃は、「手も足も出すことができなかった」と振り返る、最も不遇の時期を過ごすことになります。奥邃は東京都の知人宅を転々とする生活を余儀なくされ、この時は「蚊帳がないので蚊に刺され放題、衣服もろくに買うことができず、芋雑炊で空腹を満たす」ような極貧状態であったといいます。そんなおり、奥邃はある人の紹介により巌本善治を知ることになります。この巌本善治は当時キリスト教徒の名士として名高く、女子教育家としても有名で明治女学校を経営し、『女学雑誌』という流行雑誌をも発行していた人物です。また、春充師の実兄川合信水師を見出し、その後援をした人物でもあります。奥邃が巌本に知り合った明治３３年には、信水師はすでに女学雑誌記者を辞めて、奥邃の故郷仙台で押川方義のもとで修行をしており、春充師はこの年に自らの心身の根本的改造を志し、父の医学書をひもときはじめます。

　こうして、奥邃は『女学雑誌』に執筆したり、明治女学院で講話をしたりするのですが、それでも生活は相当苦しかったようで、板橋の借家を家賃が払えず引き払っています。このことを春充師は「ああこの神人。その住みたまう陋屋の、家賃すら差し支えたまう。」とその著『強い身体を造る法』に書き記しています。その後奥邃は、巣鴨の庚申塚という場所で彼の教えを慕って来た、２、３人の若者と共同生活を営み始めます。ここで彼は、基督教や、論語、英語などを教えていました。ここ庚申塚の住居には、あの足尾銅山鉱毒事件を糾弾したことで有名な田中正造も時々訪れ論語の講義を受けています。田中はこの奥邃の精神に触れることにより、晩年の精神のよりどころとして基督教を深く信仰することになります。そして、二人が出会った年の末に、有名な天皇直訴事件を起こすのです。