高梁教会迫害事件は２回に分けて行なわれます。第１回は明治１７（１８８４）年７月６日の夜に起こりました。当日介石は風邪で寝込み、彼に代わって同志社女学校校長　藤田愛二が説教を行いましたが、夕暮れより教会の前に多人数が集まり不穏な空気が漂っていたといいます。夜の９時を過ぎる頃には、人数がグッと増え、大声を上げ、太鼓を打ち鳴らし、南無妙法蓮華経の題目を大声で上げて説教を妨げ始めました。それでも集会をやめようとしないと見ると、大小の石を投げ込み始め、軒下につるしてあった提灯を破り、教会の中にあったランプを壊し、回りが真っ暗になると鳶口やツルハシで教会の入り口を壊しに掛かったそうです。信者はそのような状態なので、逃げるわけにも行かず、皆ジッと壁に張り付き息を殺していました。暴徒は、教会の前面を壊すと引き上げていきましたが、翌日介石が調べてみますと、教会の中に落ちていた大小の石が、ミカン箱４，５杯分もあり、この石で怪我したものが３，４人、棒で叩かれ負傷したものが２人いたとのことでです。

　この襲撃を受け教会幹部は今後の集会をしばらく見合わせようと考えますが、介石はたとえどのような事が起こっても、集会は中止しない。このような迫害などのために、くじけるものではないことを衆人に示すために決死の覚悟で、次回金曜日に集会を開くことを主張し承認されます。金曜の朝になりますと、介石は一人山に登り神に祈りを捧げ、夕方には衣服をすっかり新しいものに換えました。これは介石にとって死装束の意味を持つものでした。そして、共に死の覚悟をした教会執事と２，３名の青年に導かれ教会に出かけました。

　その日は教会の戸を全部取り外し、往来から中の様子が隅々まで見えるようにし、ランプも数個吊り下げ、「説教」と大書した提灯をつるし、７時半ごろから集会をはじめました。しかし、最初はなんの変化も無く教会の外に集まっている人数も、たいしたものではないので今夜はもうこないかと思っていますと、９時半ごろから急に人数が増え始め、何者かが音頭をとって一同が喚声を上げるや、提灯を引き裂き、石を投げ入れ始めました。

そこで介石は教壇から降りて、往来に出て両手を拡げ、「自分が松村介石で責任者である。信者を殺すというのなら、自分だけを殺してほしい。自分は平素神と基督のためならいつでも死ねると覚悟している。それを今、諸君に示す。そこで一つお願いがある。死ぬ前に一言諸君に話したいことがある。しばらく時間をくれないか。もし、私が声の涸れるまで弁じて、最早声がでなくなったらそれを合図に、そこの往来に座るから、石でもって自分を殺してくれ。自分は誰も怨むことなく潔く死ぬであろう。」という意味の言葉を叫びます。

　そして、ここから彼の命を賭けた演説が始まります。神の存在、霊魂の不滅、霊魂の消息などを説き、「私は死ぬことを決して口惜しいとも残念とも考えていない。ただただ、諸君の方が気の毒な人たちだと嘆息するばかりである。この神の道を伝えている私を殺してそれで国のためになると思っているような、無知、無学で未開な国民が、わが国民であるかと思うと、益々我がこの道を説かざるを得ないと感ずるばかりである。」と、およそ１時間あまりも必死に弁じ続けました。しかし、絶叫するがごとく弁じまくったので、ついに喉がつぶれて声が出なくなってしまいます。介石は、いよいよ今こそ、往来に座り込んで、潔く殺されようと覚悟を決めます。

　すると、不思議なことにそれまで、民衆を煽動していた警察署長が、暴徒達に解散を命じ始めました。介石も暴徒達も煽動者である人物が急に、寝返ったことに狐につままれたような心持だったといます。これは、介石を心配した信者が、高橋岡山県知事に救済を求め、県知事が派遣した警部と巡査が、ぎりぎりその暴動の最中に到着したためでした。驚いた警察署長は、私服のまま皆に解散命令を出さなければならなくなったのです。

　こうして、介石の信念は県知事までも動かし、この歴史に残る大迫害を乗り越えることができました。しかし、介石がその後正統基督教からはなれたことによって、この現代基督教史中でも最大規模の迫害は、ほとんど取り上げられることがなくなります。たとえば、「日本キリスト教歴史大辞典」の高梁教会の説明にもこの迫害については、一行も記されていません。

　このように、介石が果たした働きは大きなものがあるにも関わらず、その事跡は現代においても正当に評価はされてはいません。無論介石はそんな評価などは、全く眼中にはなかったでしょうが・・・。この迫害によって、彼は咽喉カタルになり、肺尖にも故障を起こして通常の談話も困難な状態になります。そこで、基督教界の重鎮、新島襄、沢村保羅（ポーロ）等と相談した上で、彼は後事を友人の牧師に託し、ひっそりとこの高梁教会を立ち去ります。また、わざと自身の消息を断ち、その後高梁には行かないようにしていたといいます。こうして、彼のことは次第に高梁の住人からは忘れ去られていったのでした。